'Sau Giờ Học Hanako-Kun' xoay quanh câu chuyện của Hanako-kun, một linh hồn bí ẩn, và Nene Yashiro, một học sinh năm nhất năng động. Cả hai cùng nhau giữ gìn hòa bình giữa thế giới siêu nhiên và học sinh của Học viện Kamome. Trong khi chiến đấu với những thế lực linh hồn quấy rối, họ cũng trải qua những khoảnh khắc thú vị và hài hước trong cuộc sống học đường. Qua những cuộc phiêu lưu sau giờ học, tình bạn giữa Hanako và Nene ngày càng sâu sắc, mang đến cho người xem những thông điệp ý nghĩa về tình bạn và sự chấp nhận khác biệt. Hành trình của họ đầy rẫy những điều kỳ diệu và bí ẩn, hứa hẹn sẽ mang lại nhiều bất ngờ cho khán giả.